In den 1980er Jahren verschärfte sich die wirtschaftliche Krise weiter und führte zu einer Entlegitimierung des traditionellen politischen Systems. Es bildeten sich zwei gegensätzliche Strömungen: Die einen forderten eine Liberalisierung der Wirtschaft und Politik, vertreten meist durch Politiker in Slowenien, während andere, angeführt von serbischen Politkern, eine Rezentralisierung des Bundesstaates forderten. Insbesondere Serbien empfand sich durch die Autonomie der beiden Provinzen Kosovo und Vojvodina als benachteiligt.
Die ethnonationale Mobilisierung nahm zu, und Missstände in der Gesellschaft wurden zunehmend nationalistisch interpretierbar. Die serbische Orthodoxe Kirche und nationalistische Schriftsteller begannen, die Existenz einer Bedrohung für die serbische Bevölkerung zu propagieren, insbesondere in Bezug auf die Albaner in Kosovo.
In den ersten freien Wahlen nach Titos Tod (1990) erlangten nationalistische Parteien in Slowenien und Kroatien die Macht, was den Zerfallsprozess Jugoslawiens beschleunigte. In Slowenien gewann das Mitte-Rechts-Bündnis „Demos“, während Kroatien von der nationalistischen „Kroatischen Demokratischen Gemeinschaft“ (HDZ) unter Franjo Tudjman angeführt wurde. Diese Wahlen führten zu einem wachsenden Verlangen nach Unabhängigkeit von Jugoslawien.
Am 25. Juni 1991 erklärten die Parlamente von Slowenien und Kroatien die Unabhängigkeit. Dies führte zu militärischen Auseinandersetzungen, als die Jugoslawische Volksarmee (JVA) versuchte, die Grenzen abzusichern, insbesondere in Slowenien, wo es zu einem kurzen Krieg kam, der dank europäischer Vermittlung bald beendet wurde.
In Kroatien eskalierten die Konflikte zwischen der Mehrheitsbevölkerung und der serbischen Minderheit, die ihre eigenen Geheimpolitiken und paramilitärischen Einheiten mobilisierte. Die JVA intervenierte zugunsten der serbischen Teile und begann mit ethnischen Säuberungen, bei denen viele Kroaten und Muslime vertrieben wurden. Im Jahr 1991 wurde die „Serbische Republik Krajina“ ausgerufen, wodurch das Gebiet in den Kriegsfokus rückte.
Der Zerfall Jugoslawiens führte auch zu einem Bürgerkrieg in Bosnien-Herzegowina. Ein Referendum zur Unabhängigkeit wurde von der Mehrheitsbevölkerung, bestehend aus Bosniaken und Kroaten, angenommen, was wiederum zu einem brutalen Krieg gegen die bosnischen Serben führte. Diese führten ethnische Säuberungen durch, und es kam zu schrecklichen Kriegsverbrechen, insbesondere in Srebrenica, wo im Jahr 1995 etwa 8.000 Bosniaken ermordet wurden.
Der Konflikt in Bosnien entwickelte sich zu einem der blutigsten in Europa seit dem Zweiten Weltkrieg. Während internationale diplomatische Bemühungen scheiterten, intervenierte die NATO 1995 militärisch und führte Luftangriffe aus.
Ab 1998 eskalierten die Spannungen in der serbischen Provinz Kosovo. Albanische Milizen (UCK) führten Angriffe auf serbische Sicherheitskräfte durch, was zu brutalen Vergeltungsmaßnahmen der jugoslawischen Armee führte. Die Situation verschärfte sich, als eine humanitäre Krise entstand und Hunderttausende von Kosovo-Albanern aus ihrer Heimat flohen.
Im Frühjahr 1999 leitete die NATO eine Luftkampagne gegen Jugoslawien ein, um die serbischen Angriffe im Kosovo zu stoppen. Diese Operation führte zur Kapitulation der jugoslawischen Regierung und zum Rückzug der serbischen Truppen aus der Provinz. Im Juni 1999 wurde Kosovo unter die Kontrolle der NATO und später der Vereinten Nationen gestellt, was die Mitglieder der internationalen Gemeinschaft veranlasste, eine friedliche Lösung für den Konflikt zu suchen.
Das Friedensabkommen von Dayton am 14. Dezember 1995 endete offiziell den Krieg in Bosnien und Herzegowina und etablierte den Staat als konföderative Einheit mit zwei ethnischen Entitäten: der "Bosniakisch-Kroatischen Föderation" und der "Republika Srpska".
Der Zerfallsprozess Jugoslawiens ging weiter, als Montenegro 2006 die Unabhängigkeit erklärte. Auch Kosovo erklärte 2008 einseitig seine Unabhängigkeit von Serbien, was international umstritten ist, aber von vielen westlichen Ländern anerkannt wurde. Damit wurde das endgültige Ende der ehemaligen sozialistischen Föderation markiert.
Nach den blutigen Konflikten im ehemaligen Jugoslawien in den 1990er Jahren wurde der Internationale Strafgerichtshof für das ehemalige Jugoslawien (ICTY) 1993 von den Vereinten Nationen gegründet, um Kriegsverbrechen, Verbrechen gegen die Menschlichkeit und Völkermord zu verfolgen. Der ICTY konnte wichtige Verfahren führen, die die Verantwortlichen zur Rechenschaft zogen und internationale Rechtsstandards für die Verfolgung von Kriegsverbrechen festlegten.
Zu den prominentesten Angeklagten gehörten bosnisch-serbische Führer wie Radovan Karadžić und Ratko Mladić, die für ihre Rolle im Bosnienkrieg und die grausamen Verbrechen, wie das Massaker von Srebrenica, zur Verantwortung gezogen wurden. Karadžić wurde 2016 zu lebenslanger Haft verurteilt, während Mladić, der als „Schlächter von Srebrenica“ bekannt geworden ist, 2017 ebenfalls zu lebenslanger Haft verurteilt wurde.
Der ICTY spielte eine zentrale Rolle dabei, das Bewusstsein für die Schwere der Kriegsverbrechen in Jugoslawien zu schärfen und half, die Prinzipien der Verantwortlichkeit und Gerechtigkeit auf internationaler Ebene zu stärken. Seine Urteile wurden sowohl positiv als auch negativ bewertet und hinterließen eine gemischte Bilanz in Bezug auf unsere Vorstellung von Gerechtigkeit nach Konflikten. Der Gerichtshof schloss seine Aktivitäten offiziell im Dezember 2017 und übergab seine verbleibenden Verfahren an nationale Gerichte sowie an den Residualmechanismus zur Überwachung und Unterstützung.